'לימוד בית מדרשי' הוא לימוד בסגנון יהודי מסורתי הנעשה בשיתוף עם החברותא (החבר). הלומדים מפענחים יחד את המקורות ומפרשים אותם כהבנתם.
'בית המדרש הישראלי' של ימינו מחיל סגנון למידה זה לא רק על מקורות יהודיים קלאסיים (תורה, משנה תלמוד ופרשנים) אלא גם על מקורות הגותיים וספרותיים עכשוויים, ואפילו על שירים פופולריים. הלומדים והלומדות מוזמנים לחוויה שבה הם לוקחים חלק פעיל בלימוד, ומביאים לתוכו את עולמם הפנימי ואת ניסיון חייהם.
ייחודם של בתי המדרש במרכז הרצוג הוא שהלימוד מתמקד לא רק בטקסטים אלא גם בלומדים, וכך נוצר דיאלוג משולש בין הלומדים לבין עצמם, בינם לבין המקורות, ובינם לבין חבריהם במפגש האינטימי.
בבית המדרש עוסקים לא רק בפענוח של הטקסט אלא גם במשמעותו לימינו, בהיבט האישי, הקהילתי והלאומי.
בתי המדרש שלנו מיועדים לקבוצות קטנות ואינטימיות של כ- 20 משתתפים בהנחיית מנחה אחד או שני מנחים (חילוני/ת ודתי/ת) קבועים לאורך השנה. כל אלו מאפשרים ללומדים לפתח פרשנות אישית ולהפוך את המקורות לחלק מעולמם האישי והאינטימי.
בשנת תשע"ב יפעלו במרכז הרצוג בתי המדרש הבאים:
מבוע יצירה - יצירה אישית בתוך ארון הספרים
רשות הרבים - בית מדרש למנהיגות ציונית דתית צעירה
הבית שלנו - ויהי ערב ויהי בוקר
בית מדרש להורים וילדים
בית מדרש לסטודנטים באחווה
